Jako uzupełnienie do badań obiegu węgla na obszarach czystych (Kasprowy Wierch) i takich, gdzie bardzo silny jest wpływ antropogeniczny (Kraków) prowadzone są pomiary dotyczące części biosferycznej obiegu węgla, a konkretnie procesów transportu pomiędzy biosferą i atmosferą. Badania prowadzone są w Puszczy Niepołomickiej, gdzie zlokalizowana jest 30m wieża przeciwpożarowa. W czasie różnych pór roku pobierane są próbki powietrza w celu określenia zmienności dobowej i sezonowej pionowych profili stężenia i składu izotopowego CO₂ jak również zmienności strumienia i składu izotopowego glebowego dwutlenku węgla. Dane te następnie bedą wykorzystane do zamodelowania procesów towarzyszących wymianie węgla pomiędzy biosferą i atmosferą charakterystycznych dla obszarów leśnych.

W ramach V programu ramowego Unii Europejskiej (PRIMROSE) uczestnicze w badaniach prowadzonych w naszym zakładzie dot. Badania różnych aspektów związanych z pracą hydrofitowych oczyszczalni ścieków. W polsce zostały wytypowane dwa obiekty (Nowa Słupia i Mniów), w których prowadzone są pomiary parametrów fizykochemicznych ścieków, emisji gazów (CO₂ CH₄) do atmosfery oraz przeprowadzane są eksperymenty znacznikowe mające na celu określenie parametrów hydraulicznych oczyszczalni. Ponadto, bazując na danych uzyskanych na tych oczyszczalniach oraz na innych objętych programem PRIMROSE (Estonia, Finlandia, Norwegia) prowadzone sa próby symulacji tych obiektów przy użyciu sztucznych sieci neuronowych.

Technika symulacji fizycznych obiektów za pomocą sztucznych sieci neuronowych jest techniką, która w ciągu ostatnich lat zdobywa coraz większą popularnność. Również w zagadnieniach środowiskowych technika ta zaczyna być coraz częściej używana. W przypadku zlewni Dunaju podjęte zostały próby wyznaczenia parametrów czasowych zlewni, takich jak średni czas przebywania wody, czy wręcz funkcja rozkładu czasu przebywania wody w zlewni. Na podstawie takiej analizy można określic jaki procent wody płynącej aktualnie w rzece jest wodą starą pochodzącą z cieków podziemnych. Badania stanową kontynuację pracy magisterskiej prowadzonej pod kierunkiem prof. Kazimierza Różańskiego.

W 1994 roku została uruchomiona stacja pomiarowa gazów śladowych na Kasprowym Wierchu. Prowadzone są tam regularne pomiary stężenia i składu izotopowego atmosferycznego dwutlenku węgla, metanu. Stacja wyposażona jest w automatyczny chromatograf gazowy oraz system do pobierania prób powietrza do analiz izotopowych.